В конце Episode Two главные герои Гордон Фримен и Аликс Вэнс просматривают видеопослание, записанное двойным агентом, работающей как на Сопротивление, так и на Альянс — Джудит Моссман. В нём Моссман сообщает об обнаружении затерянного научно-исследовательского судна «Борей», на борту которого предположительно находится опасная новая технология, разработанная в Лаборатории исследования природы порталов.
Согласно данным издания часть действия Half-Life 2: Episode Three, вероятнее всего, будет происходить на борту «Борея», куда Гордон Фримен будет отправлен с целью отыскать технологию раньше, чем до неё доберётся Альянс.
В книге Half-Life 2: Raising the Bar «Борей» упоминается как «затерянный во льдах исследовательский корабль». Изначально «Борей» был частью истории Half-Life 2, но в процессе разработки его вырезали из игры.
В октябре 2008, директор по маркетингу Dug Lombardi заявил, что разработка третьего и финального эпизода Half-Life 2 займет больше времени чем создание Episode One и Episode Two.